โรงเรียนขนาดเล็ก โดยส่วนใหญ่มีปัญหาในด้านความไม่พร้อมและมีความขาดแคลนโดยเฉพาะกำลังครูผู้สอนที่มีไม่ครบชั้น รวมทั้งขาดแคลนครูที่มีความถนัดเฉพาะด้านหรือวิชาเอก ด้านงบประมาณเพื่อการพัฒนาการจัดกิจกรรมการเรียนการสอน พบว่าปัญหา ส่วนใหญ่ เป็นเรื่องงบประมาณหมวดเงินอุดหนุนที่ ไม่เพียงพอ การขาดแคลนครุภัณฑ์
ในการสนับสนุนการสอน แนวทางการแก้ปัญหาโดยอาศัยความร่วมมือช่วยเหลือเกื้อกูลซึ่งกันและกันของโรงเรียนขนาดเล็กในกลุ่มพื้นที่เดียวกัน หรือมีปัญหาและความต้องการจำเป็นที่เหมือนกัน โดยมีบุคลากร หน่วยงาน หรือองค์กรให้การสนับสนุนสามารถดำเนินการเพื่อพัฒนางานยกระดับคุณภาพ ได้อย่างมีประสิทธิภาพ
